Papieski Instytut Studiów Kościelnych gromadzi oryginalne dokumenty stowarzyszeń, instytucji, ośrodków i wydawnictw polonijnych oraz polsko-włoskich, kolekcje i spuścizny po osobach prywatnych. Ponadto fotografie dotyczące uroczystości polonijnych, zabytków architektury – zwłaszcza religijnej, wybitnych postaci życia religijnego i polonijnego, zbiory plakatów, afiszy i druków ulotnych.
W ramach pomocy instytucjom polonijnym, organizowanej przez Naczelną Dyrekcję Archiwów Państwowych (NDAP), z wykorzystaniem funduszy pochodzących z programu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, w Instytucie prowadzone są prace porządkowo-inwentaryzacyjne archiwaliów. Znaczna większość zespołów archiwalnych z prezentowanego poniżej wykazu (od nr 1 do nr 32) została opracowana przez dr Lidię Potykanowicz-Suda z Archiwum Państwowego w Gdańsku i Mariolę Szaleniec z Archiwum Narodowego w Krakowie, z wykorzystaniem baz danych SEZAM i IZA. W grudniu 2017 r. PISK podpisał umowę z NDAP w sprawie uruchomienia w Instytucie Zintegrowanego Systemu Informacji Archiwalnej ZoSIA, przeznaczonego do opracowania (ewidencji i inwentaryzacji) zbiorów archiwalnych na wszystkich poziomach ich hierarchicznej struktury – od całego archiwum aż po obiekt archiwalny. Dane z wcześniejszych baz oraz inwentarze w MS Word zostały zmigrowane do ZoSIA. Można je przeglądać w serwisie: szukajwarchiwach.pl. Dodatkowo inwentarze, spisy robocze kolejnych zewidencjonowanych już w ZoSIA zespołów archiwalnych będzie można przeglądać także na obecnej stronie po pobraniu pliku z zawartością danego zespołu (ikona pobierz plik).
Wykaz zewidencjonowanych i będących w trakcie opracowania zespołów archiwalnych:
| Nr zespołu | Nazwa zespołu i daty skrajne | Pobierz plik |
| 1 | Spuścizna Witolda Bronowskiego (1899-1975; prawnik, dyplomata, dziennikarz) 1856-1969 |  |
| 2 | Ambasada RP przy Stolicy Apostolskiej 1920-1977 | |
| 3 | Spuścizna Karola Kleszczyńskiego (1917-1996; dziennikarz, działacz społeczno-polityczny) 1861-1996 | |
| 4 | Towarzystwo Studiów Irańskich w Teheranie [1925] 1942-1946 | |
| 5 | Polska Rada Oświatowa w Libanie 1947-1948 | |
| 6 | Instytut Polski w Bejrucie 1944-1949 | |
| 7 | Spuścizna Stanisława Kościałkowskiego (1881-1960; historyk, badacz dziejów Litwy, profesor Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie) [1924-] 1941-1950 | |
| 8 | Spuścizna Kazimierza Papée (1889-1979; dyplomata, ambasador przy Stolicy Apostolskiej) 1863-1978 | |
| 9 | Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących Millennium 1955-1990 | |
| 10 | Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie 1939-2016 | |
| 11 | Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących arcybiskupa Józefa Gawliny 1942-2006 | |
| 12 | Spuścizna literacka Wojciecha Bąka (1907-1961; pisarz, prozaik, poeta) 1936-1979 | |
| 13 | Spuścizna Stefanii Okuniewskiej (1885-1974) 1851-1973 | |
| 14 | Spuścizna rodziny Szenwiców 1913-1978 | |
| 15 | Ambasada RP w Rzymie – szczątek zespołu 1926-1930 | |
| 16 | Radca handlowy przy Ambasadzie RP w Rzymie 1934-1939 | |
| 17 | Poselstwo RP w Pradze – szczątek zespołu 1938-1939 | |
| 18 | Katolicka Służba Pomocy w Bejrucie 1949-1959 | |
| 19 | Polskie Liceum i Gimnazjum Ogólnokształcące w Rzymie 1939-1948 | |
| 20 | Instytut im. Mikołaja Kopernika w Rzymie 1946-1948 | |
| 21 | Spuścizna Jerzego Langmana (1903-1982; ksiądz, profesor, historyk sztuki) 1940-1982 – w trakcie opracowania | |
| 22 | Spuścizna rodziny Siemiradzkich 1852-1973 | |
| 23 | Spuścizna Karola Badury (1907-1983; malarz, akwarelista) 1945-1987 | |
| 24 | Hospicjum Polskiego Związku Kawalerów Maltańskich w Rzymie 1960-2004 | |
| 25 | Spuścizna Witolda Wehra (1901-1980; historyk sztuki, doktor praw) 1948-1967 | |
| 26 | Redakcja dwumiesięcznika „Przemiany” 1967-1969 | |
| 27 | Kompania Żołnierzy Polskich w Algierii 1941-1942 | |
| 28 | Komitet Solidarności z „Solidarnością” we Włoszech 1981-1991 | |
| 29 | Spuścizna Stanisławy Połotyńskiej 1939-1981 | |
| 30 | Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących Banku Leków „Na Ratunek” 1980-2003 | |
| 31 | Redakcja kwartalnika „Duszpasterz Polski Zagranicą” 1950-1999 | |
| 32 | Zbiór fotografii kardynała Stefana Wyszyńskiego – w trakcie opracowania |